Durch die erhöhte Mobilität, die Öffnung von Schifffahrtswegen über zoogeografische Grenzen hinaus und durch den zunehmenden interkontinentalen Warenverkehr kommt es zu einer verstärkten Einschleppung und beschleunigten Ausbreitung aquatischer Neozoen (wasserlebender, nicht heimischer Tierarten). Einige dieser Neozoen zeigen eine invasorische Ausbreitungstendenz und sind – bedingt durch hohe Fortpflanzungsraten und aggressives Fraß- und Raumnutzungsverhalten – für gravierende Veränderungen in den Biozönosen von Seen und Fließgewässern verantwortlich (Kinzelbach 1995, Tittizer 1996, Gebhard et al. 1996, Schöll 2002, Rey & Ortlepp, 2004). In einigen Fällen können sie auch ökonomische Schäden verursachen (Sakai et al., 2001). Für einen Teil dieser Arten trifft dies auch für den Bodensee und sein Einzugsgebiet zu.
Das erste invasorische Neozoon im Bodensee war Mitte der 1960er Jahre die Dreikantmuschel Dreissena polymorpha. Schon weniger als 10 Jahre nach ihrer Einschleppung hatte sie so hohe Populationsdichten erreicht, dass sie z.T.- Ausleitungs- und Wasseransaugrohre verstopften, deren Reinigung hohe Kosten verursachte. Außerdem könnte D. polymorpha für den Rückgang der Großmuscheln verantwortlich sein. Der sich seit Ende der 1980er Jahre im See rasch vermehrende Kaulbarsch zeigte sich als potenzieller Nahrungskonkurrent des heimischen Flussbarsches.
Über die Auswirkungen anderer Neozoen im Bodensee (z.B. Großkrebse, andere Wirbellose und Fische) ist dagegen so gut wie nichts bekannt, zumal in der Vergangenheit oft versäumt wurde, die Ausbreitung neozoischer Arten im See zu verfolgen.
2003 wurden im Flachwasserbereich des Bodensees der Große Höckerflohkrebs Dikerogammarus villosus und die grobgerippte Körbchenmuschel Corbicula fluminea gefunden. Mit dem Erscheinen dieser invasorischen Arten bekommt das Thema „Neozoen im Bodensee“ wieder eine neue Dimension und rückt in den Vordergrund des Gewässer- und Artenschutzes. Zumindest der Große Höckerflohkrebs breitet sich derzeit rapide aus, verdrängt dabei andere Kleinlebewesen und nimmt im Nahrungsnetz nach Angaben einiger Autoren den Stellenwert von Fischen ein. Beide Arten zeigen lokal schon Besiedlungsdichten bis weit über 1000 Individuen pro Quadratmeter.
Schon seit Längerem wird auch eine weitere Ausbreitung von Kamberkrebs und Signalkrebs im Bodensee befürchtet. Beide Arten leben räuberisch und können die Krebspest verbreiten.
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